設置宗旨與目的
人體各部位如腸道內或皮膚上有超過數兆的各類細菌，人體內的微生物菌與個人基因體、免疫系統、生活環境與飲食習慣等的交互作用緊密，更與諸多人體疾病相關，因此，人體的微生物相也有人稱為人體的第二套基因組。近年來包括美國、歐盟、中國、日本、南韓等各國政府紛紛積極投入經費進行國家型微生物相研究計畫。以美國NIH為例，由2007至2016投注在人類微菌研究(Human Microbiome Project, HMP)就高達17億美元的經費，HMP計畫第一階段以透過定序分析建立人體微生物組的序列資料庫為主要重點，第二階段則已結合先前定序的發現及各種研究實驗，朝向解析微生物組與人體疾病發生之關聯性及機制。歐盟人體腸道總體基因體學研究計畫(Metagenomics of the Human Intestinal Tract, MetaHIT)結合歐洲8國共15個研究機構共同投入微菌相關研究，研究重點除建立人體腸道微菌參考資料庫外，亦包括區辨不同族群所帶有的菌相差異、及發展應用於微菌分析的生醫工具。中國亦自2017年底由中國科學院微生物研究所與中科院上海生命科學研究院等共14個研究單位，展開“人體與環境健康的微生物組共性技術研究”暨“中國科學院微生物組計畫”，以國家型計畫投入研究人體腸道微生物組、建立微生物組功能解析技術與計算方法學，以及建立中國微生物組資料庫與資源庫。台灣亦有鑑此一重要研究議題，科技部特別自2018年開始徵求「人體微生物相專案研究計畫」先導計畫，並考量國際發展的趨向及國內產學的量能，訂出先期研究目標聚焦於：(1)開發以微生物相為疾病診斷與預防之生物標記或技術；(2)研發調整微生物相之藥物（包含中草藥與老藥新用等）、微生物群或其他方法；(3)探討微生物相對現有藥物治療（如化療、免疫治療等）效用之影響等。
綜上所述可見微菌研究早已受到國際間之重視，然而，國內在人體微菌相關研究人才之培育方面，仍欠缺主責的相關專門系所，微菌研究除需瞭解傳統微生物研究方法，如顯微鏡微形態觀察、選擇性培養基計數、純菌種分離和生理生化鑒定等，對微生物多樣性之定性定量及微菌巨量資料處理等生醫研究方法，更是當前國際間重要的新發展領域，近年隨著基因定序技術的進展，各國研究的主要戰場均轉移至利用用基因序列來分析微生物間的親緣或進化關聯分析，進而展開微生物的系統進化、分類及多樣性等定性定量之研究，乃至導入以大數據與人工智慧方法分析微生物相資料庫之巨量數據，以進一步尋求提供診斷或預測疾病發生的可能模式，均是微菌研究很有發展潛力的方向。
設立宗旨
打造未來世代跨領域微菌研究的優質人才與團隊。
設立目的
- 培養微菌研究所需的跨領域研究人才。
- 形成跨基礎、臨床與生資的微菌研究團隊。
- 橋接微菌相關產學研究合作。
學程管理辦法
法源依據
管理辦法依據「國立陽明交通大學學程設置辦法」訂定。
組織架構
- 本學程置負責人一人，統籌及辦理各項學程相關事物。由本「學程教師會議」推薦副教授（含）以上教師，由校長遴聘兼任，任期二年，並得連任二次。連任時需經「學程教師會議」同意後，薦請校長聘任。
- 本學程每學期召開「學程教師會議」乙次，討論與議決各項教學及行政事物，並視需要，得設置相關委員會。學程教師得視需要，經「學程教師會議」同意後，邀請校內、外教師參與本學程。
招生
- 本學程招收本校大學部與研究所學生。
- 修習本學程之學生，均需依本學程修業辦法之規定修習之。
其他相關規定
- 本辦法若有未盡事宜，悉依本校相關規定辦理。
- 本辦法經本校教務會議通過後實施，修正時亦同。
退場機制
由「學程教師會議」視招生狀況檢討訂定。
學程教師會議設置辦法
- 第一條 依據「國立陽明大學課程委員會設置辦法」及「國立陽明大學學程設置辦法」規定，設置本學程教師會議，以下簡稱本教師會議。
- 第二條 本教師會議主要職掌為：
- 一、 審議本學程課規劃及內容。
- 二、 因應學程發展，整合學程教學資源及師資，規劃課程。
- 三、 協調跨系所院課程相關事宜。
- 四、 研訂本學程課程相關規章及其他課程相關議題。
- 第三條
- 本教師會本教師會議由學程負責人及學程各核心領域（基礎、臨床、生資）教師代表至少一位共同組成之，學程負責人擔任主任委員並主持會議。
- 第四條
- 本教師會本教師會議每學期至少開會一次，必要時得由主任委員召臨議。
- 第五條
- 本辦法經學程會議通過，送醫學院及教務處備查後實施，修正時亦同。